Основополагающий принцип работы musicAeterna — это исключительный перфекционизм и атмосфера артели единомышленников, которая позволила развивать особую художественную концентрацию и высокую степень артистической ответственности. Свою работу Курентзис начинал как дирижер, уделявший особое внимание принципам исторически информированного исполнительства. Однако его интересы быстро расширились от барочного репертуара к классическому и современному.

В 2011 году Курентзис стал художественным руководителем Театра оперы и балета в Перми, куда с ним переехали коллективы musicAeterna. С 2012 года он взял на себя руководство пермским Дягилевским фестивалем, который приобрел под его руководством международный авторитет и сделал Пермь новой точкой не только на российской, но и на мировой культурной карте. В 2019 году Теодор Курентзис и musicAeterna переехали в Петербург, где их резиденцией стал Дом Радио — культурное пространство, сочетающее функции академического концертного зала, андеграундного арт-центра, художественной галереи и лектория.

Международная концертная деятельность Курентзиса чрезвычайно широка: с сезона 2016/17 по 2022/23 он был резидентом Венского концертхауса, где дирижировал своими коллективами, а также Венским симфоническим оркестром и Camerata Salzburg. С 2018 по 2024 год Курентзис был главным дирижером Симфонического оркестра Юго-Западного радио Германии. В 2022 году Теодор Курентзис создал Utopia, международный фестивальный оркестр и хор, объединяющий лучших музыкантов из нескольких десятков стран. Он выступает на самых значимых европейских и мировых площадках, среди которых Берлинская филармония, Эльбская филармония в Гамбурге, Парижская филармония, Фестшпильхаус Баден-Бадена, The Shed в Нью-Йорке, Сантори-холл в Токио, Королевский Альберт-холл в Лондоне, театр Ла Скала, Большой зал Московской консерватории, Зал Зарядье и Санкт-Петербургская филармония.

Как театральный дирижер Теодор Курентзис привлек к себе внимание еще в 2009 году, когда возглавил оркестр Парижской оперы в постановке «Макбета» Верди, выполненной им вместе с режиссером Дмитрием Черняковым по инициативе Жерара Мортье. В 2013-м он дебютировал на фестивале Ruhrtriennale в Бохуме, в 2015-м — на оперном фестивале в Экс-ан-Провансе со спектаклем Питера Селларса «Иоланта/Персефона» на музыку Чайковского и Стравинского (поставлен в Королевском театре в Мадриде в 2012-м). Начиная с 2017 года Курентзис — постоянный участник Зальцбургского фестиваля. В качестве дирижера-постановщика Теодор Курентзис сотрудничает с ведущими режиссерами мира (Роберт Уилсон, Ромео Кастеллуччи, Питер Селларс, Теодороc Терзопулос и др.) и крупнейшими оперными театрами Европы и России.

Отдельную линию в профессиональной жизни Теодора Курентзиса представляет студийная работа. Уже первые диски Курентзиса — «Дидона и Эней» Пёрселла и Реквием Моцарта — стали сенсацией, вызвав одновременно восхищение и шок своей интерпретационной новизной. Особую роль в закреплении его репутации «художника студии» сыграла трилогия опер Моцарта – да Понте, выпущенная в 2010-е годы. Дискография Курентзиса включает записи на лейбле Sony Classical — сочинения Моцарта, Малера, Бетховена, Чайковского, Рамо и Стравинского, удостоенные премий ECHO KLASSIK, Edison Klassiek, премий журналов Opernwelt и BBC Music Magazine, Немецкой ассоциации критиков в области звукозаписи и Японской академии звукозаписи. В 2024 году он основал лейбл Theta в партнерстве с Outhere Music.